Действие происходит в 1840-х годах на юге Америки. Том Сойер и его сводный брат Сид - сироты, которые живут со своей тетей Полли в городе Санкт-Петербург, штат Миссури. Том - живой, предприимчивый и находчивый мальчик, который часто попадает в неприятности. Мы впервые видим его в день, когда он прогуливает школу. Тетя Полли наказывает его, заставляя весь следующий день белить ее забор.
Далее следует одна из самых известных сцен в американской литературе. Том убеждает соседских детей побелить для него забор, а он сидит в тени и смотрит. Он делает это, притворяясь, что получает удовольствие от работы - настолько, что, если они хотят разделить с ним это удовольствие, они должны заплатить ему небольшими безделушками и сокровищами, которые у них есть. Вскоре у него появилось несколько детей, которые выполняли за него утомительную и тяжелую работу, при этом отдавая ему что-то свое.
Затем он обменивает безделушки на купоны, которые священник дает детям для заучивания стихов из Священных Писаний. Он собирает достаточное количество и удостаивается приза, - Библии. К большому удивлению и скептицизму всех, кто его знает, ведь он объявлен лучшим учеником Священных Писаний, несмотря на то, что он хуже всех знает эти самые Священные Писания. Пока тетя Полли гордится, другие шокированы этим событием.
Новоприбывший судья Тэтчер впечатлен превосходным знанием Священных Писаний Томом, но сбит с толку, когда Том проявляет свое невежество, будучи неспособным ответить даже на самые простые вопросы о Библии.
Что относительно любовных похождений Тома, то они тоже каверзны. Том знакомится с Бекки и влюбляется в нее. Он преследует ее и в конце концов убеждает ее обручиться с ним, поцеловав его. «Помолвка» проваливается, когда Бекки обнаруживает, что он ранее был «помолвлен» с другой девушкой, Эми Лоуренс. Теперь его сторонится Бекки, возмущенная тем, что она не первая его девушка.
По сюжету в городе есть бродячий мальчик, которого другие мальчики считают достойным восхищения из-за его свободы и авантюрного духа. Его зовут Гекльберри Финн. Он приглашает Тома присоединиться к нему в полночь на кладбище, чтобы провести ритуал, который, как считается, исцеляет бородавки. Там они становятся свидетелями трех похитителей тел, доктора Робинсона, Маффа Поттера и индейца Джо, грабящих могилу.
Мальчики смотрят, как пьяный Мафф Поттер теряет сознание, а индеец Джо и доктор Робинсон ссорятся. Индеец Джо убивает доктора Робинсона и устраивает все, чтобы подставить Поттера. Мальчики напуганы перспективой того, что индеец Джо узнает, что они были свидетелями убийства, и убьет их тоже, и они дают клятву крови, которая никогда никому не расскажет о том, что они видели. Позже Поттера сажают в тюрьму. Из-за того, что в то время находился в состоянии алкогольного опьянения, он сам считает, что убил доктора. Чувствуя себя виноватым, он сознается в убийстве.
Позже Тому становится скучно в школе, и вместе с его лучшим другом Джо Харпером и Гекльберри Финном они убегают на остров Джексона на реке Миссисипи. Они предлагают начать новую жизнь. Отныне они будут пиратами. Тем временем они объявлены пропавшими без вести, и власти ищут их тела в Миссисипи. Мальчики осознают это и получают от этого удовольствие.
Однажды ночью Том пробирается обратно, и после соблазна раскрыть себя, наблюдая за своими близкими в трауре, ему приходит мысль, что было бы весело присутствовать на его собственных похоронах. Все трое идут на совместные похороны, появляются в церкви посреди службы.
Теперь школа выглядит для Тома по - другому, поскольку он и двое его друзей стали героями. Он снова обращает свое внимание на Бекки Тэтчер и завоевывает ее расположение после того, как принимает на себя вину - и обвинение - в инциденте, когда она порвала книгу.
Мафф Поттер предстает перед судом за убийство доктора Робинсона. Мальчики присутствуют на суде и смотрят, как Поттера наверняка признают виновным. Однако Том принимает решение отказаться от своей кровной клятвы и рассказывает о том, что он и Гек видели. Индеец Джо убегает через окно, прежде чем они успевают схватить его. Высказавшись, Том подверг опасности себя и Гека. Отныне они постоянно следят за своей спиной.
Это летние каникулы, и Том и Гек решают поискать спрятанное сокровище в доме, который, как считается, населен привидениями. Они идут наверх. Услышав шум внизу, они выглядывают через дыры в полу. Они видят, что это индеец Джо. С ним еще один мужчина. Мальчики слушают их разговор, в котором они планируют закопать украденные в доме вещи.
Пока мальчики с нетерпением ждут возможности откопать клад, воры находят это золото, закопанное в очаге, и уносят его в другое укрытие. Мальчики не знают, где это. Но однажды ночью Гек замечает Джо и следует за ними.
Он подслушивает, как индеец Джо говорит о том, как ворвался в дом богатой вдовы Дуглас и искалечил ее лицо, в отместку за ее покойного мужа, мирового судьи, который приказал публично выпороть индейца Джо за бродяжничество. Гек идет за помощью, тем самым предотвращая преступление. Опасаясь возмездия индейца Джо, он просит об анонимности и становится неизвестным героем города.
Том идет на пикник в пещеру Макдугала со своими одноклассниками. Том и Бекки теряются и в конечном итоге блуждают в пещерах в течение нескольких дней.
Однажды он случайно встречает индейца Джо в пещерах, но индеец Джо его не видит.
Судья Тэтчер закрывает пещеру Макдугала железной дверью. Когда Том узнает об этом, он обеспокоен тем, что индеец Джо заперт внутри. Он сообщает о том, что видел вора, и отряд выходит на его поиски. Они обнаруживают труп индейца Джо возле железной двери, который умер от голода после того, как съел сырых летучих мышей и огарки свечей, с голода.
Место его смерти становится местной достопримечательностью.
Том убежден что Джо в пещере Макдугала спрятал украденное золото. Он вместе с Гекльберри Финном обыскивают пещеру и находят сундук с золотом. Мальчики теперь богаты! Вдова Дуглас усыновляет Гека, но он считает цивилизованную семейную жизнь болезненной и пытается сбежать, но Том убеждает его вернуться.
